分析目的:基于基因组比对结果,将相似的多转录本折叠成单个转录本(去冗余) PacBio分析软件: TAMA:https://github.com/GenomeRIK/tama TAMA简介 TAMA(T ranscriptome A nnotation by M odular A ...
分析目的:基于基因组比对结果,将相似的多转录本折叠成单个转录本(去冗余) PacBio分析软件: TAMA:https://github.com/GenomeRIK/tama TAMA简介 TAMA(T ranscriptome A nnotation by M odular A ...
学习转录组学分析是一个很好的选择,下面是一个从零开始的学习转录组学分析的步骤: 1. 基础知识:了解基本的生物学概念和遗传学知识,包括DNA、RNA、基因表达等。可以通过阅读相关的教科书、参加在线课程或观看...
本项目是发表论文的R语言meta分析,内含教程和源码数据集,可以直接使用,欢迎交流学习。
转录本可以由RNA-Seq数据通过Trinity组装来的,也可以由RNA-Seq比对到参考基因组上构建的转录本。最新版本的TransDecoder可在此处找到。 TransDecoder识别可能的编码区域是基于以下几个标准: a minimum length...
简单概括就是为了评估乙酰化对基因表达的影响,对野生型和突变体都做了转录组分析(基因差异表达分析和GO注释)。 1. 数据获取及质控 #1.脚本查看 $ cat dir_6.txt SRR3286802 SRR3286803 SRR3286804 SRR3286805.
封面来源:https://www.zhihu.com/question/304747766常规转录组是我们最常接触到的一种高通量测序数据类型,其实验方法成熟,花费较低,是大部分CNS必备...
基于count数据的加和。包括pseudobulk的代码
分享感兴趣的文献和学习资料!Shell 是指一种应用程序,这个应用程序提供了一个界面,用户通过这个界面访问操作系统内核的服务。有root权限(可以使用yum或apt-get命令安装)1.12 Shell脚本的编写。1.11 使用源码安装...
空间转录组学(Spatial Transcriptomics)是一种生物学和生物信息学领域的技术和方法,它用于研究组织、细胞和生物样本中基因表达的空间分布。这个领域的目标是理解基因在生物组织中的位置和表达模式,以帮助解释...
RNA-seq工具哪家强RNA-seq分析工具知多少RNA-seq是研究转录组应用最广泛,也最重要的技术之一。RNAseq其分析内容包括序列比对、转录本拼装、表达定量、差异分析、融合基因检测、可变剪接、RNA编辑和突变检测等,具体...
分析目的:基于基因组比对结果,将相似的多转录本折叠成单个转录本(去冗余) PacBio分析软件: TAMA:https://github.com/GenomeRIK/tama TAMA简介 TAMA(T ranscriptome A nnotation by M odular A ...
基于RNA测序技术的转录组从头拼接算法研究 摘要: 生物信息学主要研究分子生物学领域,而对于分子生物学领域,转录组的从头拼接又是其核心内容,即利用转录组的测序片段拼接出整个转录组中的所有表达的转录体。而RNA...
单细胞测序技术是一种在单细胞水平上对基因组、转录组、表观组等进行高通量测序分析的技术。(单细胞转录组教程汇总)单细胞测序技术能够在组学水平揭示细胞间的异质性。单细胞水平细胞谱系追踪技术位居...
标签: r语言
为进一步提高《微生物组实验手册》稿件质量,本项目新增大众评审环节。文章在通过同行评审后,采用公众号推送方式分享全文,任何人均可在线提交修改意见。公众号格式显示略有问题,建议电脑端点击文末阅...
“用于学习全基因组转录调控网络的基于贝叶斯数据融合的方法”是免费软件:您可以根据自由软件基金会发布的GNU通用公共许可的条款(版本3或更高版本)重新分发和/或修改它。许可,或(根据您的选择)任何更高版本。 ...
转录组数据分析之一,先介绍相关基础知识,其次用实际案例为基础,由浅入深介绍DESeq2差异分析全过程