单细胞转录组基础知识详解
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这篇关于单细胞的综述发表于2017年7月的Molecular Aspects of Medicine，Identifying cell populations with scRNASeq 第一作者是Tallulah，通讯是Martin HembergAbstract摘要单细胞转录组在进行单个细胞的表达定量...
”转录组学习“ 的搜索结果
空间转录组论文STAGATE简介与代码介绍
（该教程是在2022年下半年就开始进行的工作，但是事情太多，一直推迟到现在）。本教程是使用MarkDown格式编写的，据统计共有2万多个字，8万多字符（PS：也许没有那么多，只是MarkDown格式显示较多而已）。...
序列剪切（sequence trimming）是在测序数据分析中的一项预处理步骤，其目的是去除低质量的碱基和噪音，以提高数据的质量和准确性。
salmon介绍Salmon是不基于比对计数而直接对基因进行定量的工具，适用于转录组、宏基因组等的分析。Salmon通过许多不同的创新来提高其准确性和速度，包括使用选择性比对(传统读取比对中的准确但快速计算的代理)以及大...
2. Per base sequence quility：每个测序read上各碱基质量 3. Per sequence quility scores：每条序列质
STAGATE2 Cell type-aware spatial network和数据可视化
前一段时间跟着孟浩巍大神的视频学习，在自己的小破笔记本上还是跑完了整个RNAseq差异表达的分析流程( tophat2 + cufflink + cuffdiff )虽然这个流程比较老了，现在做分析一般使用的都是 HTseq + DESeq2 等其他的...
是无参考转录组从头组装转录组的常用软件，且trinity的使用文档非常详细，整合的内容非常完整，包括从组装，比对，定量到差异分析等。Trinity组装依据的算法是de Bruijn Graph,即从打断的文库中提取一定长度的K-mer...
本次实战2对 GBM4 样本进行空间区域划分及区域间差异分析；并对各区域差异基因进行富集分析
转录组测序分析项目及方法汇总 基于生工教学手册-从0开始解读转录组整理 转录组测序分析项目及方法汇总 项目 方法 工作环境 PCA主成分分析 vegan package R package PCoA 主坐标分析 ...
作业要求我们统一选择p<0.05而且abs(log2FC)大于1的基因为显著差异表达基因集，对这个基因集用R包做KEGG/GO超几何分布检验分析。然后把表达矩阵和分组信息分别作出cls和gct文件，导入到GSEA软件分析。...
oqtans:在线定量转录组分析
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oqtans：在线定量转录组分析 ================================================== 机器学习支持的平台，用于定量分析RNA测序实验。 Galaxy Cloudman的共享字符串：cm-ba5c56b95144e564f70e5762dc5fa177 / shared ...
RNA-seq技术之转录组从头组装介绍 转载2016-05-31 17:07:39 1.何为转录组组装 说起转录组组装，不得不先说新一代测序技术（next generation sequencing）。自从2005年454生命科学公司推出第一款二代测序仪器以来...
转录组分析——limma差异分析
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