单细胞及空间转录组设计分析与机器学习在生物医学应用
单细胞及空间转录组设计分析与机器学习在生物医学应用
高通量测序此前一直有一个痛点:多细胞生物往往具有复杂的结构,细胞间的位置信息往往决定了它们的分化方向以及生物学功能;但高通量测序在建库提取核酸的过程中由于组织的破碎了这部分,这就导致了生物学问题研究的...
随着二代测序技术的高速发展,人们获得了大量的转录组数据序列如何从数据中挖掘具有生物意义的信息已经成为很多研究的关键,对未知基因的功能进行预测和注释就是一个重要问题这篇文章主要是跟着 刘粉香,杨文国,孙...
X单细胞转录组测序原理和文库构建注意要点学习教案.pptx
FastQC是一个用于高通量序列数据的质量控制程序。FastQC可以读取并分析多种格式的序列数据,并且可以以交互的形式来检查几种不同的质量结果,或者创建一个可以集成到自动分析流程中的报告。该软件生成的结果是html...
Samtools是一个用来处理SAM/BAM(SAM的二进制格式,用于压缩空间)格式的比对文件的工具,它能够输入和输出SAM(sequence alignment/map:序列比对)格式的文件,对其进行...排序后的.bam用于后续转录本的组装与定量。
前面已经安装好了需要的软件,那么我们现在需要下载我们练习需要用到的sra数据。可以用ascp快速的来下载 sra 文件,也可以用wget或curl等传统命令从 FTP 服务器上下载 sra 文件。下载完之后可以检查一下数据大小,...
转录组测序及ESTSSR引物开发PPT学习教案.pptx
在微生物组研究中使用宏转录组Use of Metatranscriptomics in Microbiome Researchhttps://doi.org/10.4137/BBI.S3...
转录组的研究技术方法及当前PPT学习教案.pptx
标签: 学习
生科云网址:https://www.bioincloud.tech学习手册近年来空间转录组的各类平台层出不穷,其也被《Nature ...希望这些资料可以帮助大家完成各平台空间转录组分析的一站式学习。文件比较大,各位可以按需下载对应...
自测序数据处理(基因symbol转化+FPKM计算)
X单细胞转录组测序原理和文库构建注意要点PPT课件.pptx
前一段时间跟着孟浩巍大神的视频学习,在自己的小破笔记本上还是跑完了整个RNAseq差异表达的分析流程( tophat2 + cufflink + cuffdiff )虽然这个流程比较老了,现在做分析一般使用的都是 HTseq + DESeq2 等其他的...
转录组测序的分析流程大致可以分成三类,包括基因组比对( Genome mapping )、转录组比对(Transcriptome mapping)、转录组组装(Reference-free assembly)有大牛写的很好:聊聊转录组测序——2.数据分析与解读...
这是我日常学习中的转录组分析中的脚本和相应的演示数据。随意下载并运行它。 XD 每个* rar文件均包含代码和示例数据,以及示例结果以供参考。 当然,您也可以直接在脚本文件夹中下载或查看所有代码。 所有的代码都...
转录组分析流程(有参和无参de novo) 获得测序数据,Fastq格式,称之为Raw data。 质量检测 比对Mapping Quantification|Quantitation 差异表达分析 补充:开始项目之前,先确立合理的文件目录结构。 【1】Raw ...
零基础入门转录组分析第五章——表达定量,从实战(小鼠注射药物后的差异基因转录组分析)的角度详细展开全部内容,全文有5个部分(1.序列比对结果查看 2. 表达定量 3. 提取有效信息 4. 合并多个样本定量结果 5....
本篇主分享如何使用python和R读取空转数据,主要使用scanpy stlearn seurat包。
DeepST 解卷积部分,代码详解
X单细胞转录组测序原理和文库构建注意要点PPT学习教案.pptx
空间转录组分析实战1:10X空间转录组数据介绍、读取和降维聚类及空间可视化初级介绍
fastp这款软件由陈实富开发(海普洛斯 联合创始人 / CTO),可以对转录组下机数据经行质量控制加序列剪切,也就是说该软件可以实现,FastQC两款软件基本功能,并且该软件的速度非常快。各reads的汇总信息,通过该...