参考基因组

一文读懂参考基因组和基因组注释+最全下载方法

二、参考基因组版本命名1、常用人参考基因组对应表2、常用小鼠参考基因组对应表三、下载1、NCBI2、Ensemble3、GENCODE4、UCSC5、iGenomes四、其他参考基因组信息一、什么是参考基因组和基因组注释？先来理一理参考...

一文理解全外显子家系和病例-对照参考基因组比对和变异检测全流程

标签：数据分析经验分享微信开放平台

这篇文章是我的生信社群的部分内容，现在开个遗传学专栏，分享一些遗传学数据分析教程，更多教程可以加入我的生信社群查看。看完这篇文章，完全理解参考基因组比对和变异检测全流程！

人类参考基因组

标签：基因基因组

人类参考基因组一、人类参考基因组的来源 1、人类基因组计划 1）2001年草图，绘制人类基因组图谱 2、数据库的名称 1）UCSC：hg19，hg38 2）NCBI：GRCH19，GRCH38 二、如何下载参考基因组在 linux 中下载参考序列...

如何选择参考基因组和注释文件

标签：生物信息学

如何选择参考基因组和注释文件

日本晴参考基因组

标签：日本晴参考基因组

粳稻参考基因组日本晴主要常用的有两个版本，分别为The Rice Annotation Project (RAP)（https://rapdb.dna.affrc.go.jp/index.html）和 Rice Genome Annotation Project （RGAP7，MSU） ...

标签：其他

参考基因组 rockygao·2019年12月09日· 201 次阅读目在学习进行人的 RNA-SEQ 数据分析之前，需要做许多准备工作：分析环境的搭建以及各个分析软件的安装；参考基因组的选择；待分析数据准备；分析流程...

RGAAT:基于参考的基因组组装和新基因组的注释-开源

标签：开源软件

序列变异文件（VCF格式或五个coloum表（制表符分隔，包括染色体，位置，id，参考），为新的基因组和已知的基因组升级装配和/或注释基因组等位基因和替代等位基因））或基于参考基因组序列文件（FASTA格式）和注释...

seqExtract:通过给出基因名称从参考基因组中提取序列

标签： Python

通过给出基因名称从参考基因组中提取序列 rescue.py 和 seq_extract_rescue.py 一起从宇宙文件中拯救缺失的基因。 seq_extract.py 只需要文件名作为输入。 ##seq_extract_rescue.py ####先决条件文件： GTF文件...

参考基因组下载和建立索引

标签： bash 开发语言

参考基因组下载和建立索引下载的小鼠基因组 cd ~/bioreference mkdir -p genome/mm10 && cd genome/mm10 nohup wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/mm10/bigZips/chromFa.tar.gz & tar ...

3.参考基因组下载与索引建立

标签：数据分析

全基因组重测序数据分析——3.参考基因组下载与索引建立

linux基因组文件,转录组入门(四)：了解参考基因组及基因注释

标签： linux基因组文件

转录组入门(4)：了解参考基因组及基因注释任务列表1.在UCSC下载hg19参考基因组；2.从gencode数据库下载基因注释文件，并且用IGV去查看感兴趣的基因的结构，比如TP53，KRAS，EGFR等等。3.截图几个基因的IGV可视化结构...

medusa:一个基于图的方法使用多个参考基因组的基因组支架草案

标签： Java

美杜莎草拟的基因组支架，以基于图的方法使用多个参考基因组。可用性和依赖性本文档提供了使用软件Medusa的独立版本的简短指南。该软件尚未发布。 Web界面可从。可从访问源代码，预编译版本和本手册。 Medusa取决...

Hisat2 比对到参考基因组

标签：数据挖掘数据分析

hisat2 samtools 转录组上游分析 Linux

STAR构建参考基因组用时参考

标签： c语言

STAR构建参考基因组用时参考

构建绵羊（非常见物种）BSgenome参考基因组

标签：生物信息学

构建绵羊（非常见物种）BSgenome参考基因组

cellranger 操作笔记-2：构建绵羊单细胞转录组参考基因组

标签：生物信息学

cellranger 操作笔记-2：构建绵羊单细胞转录组参考基因组

人类参考基因组详解

标签：生物信息

primary assembly版本是一致的，简单区别就是 the use of chr1(in hg19) versus 1 (in b37) to indicate chromosome 1,and chrM vs.MT for the mitochondrial genome. 但是对于Patches有区别，其中包含的decoys不同...

利用picard构建参考基因组的dict索引文件

标签：服务器

参考基因组的dict索引文件

UCSC参考基因组下载----＞ bwa 建立index

标签：学习数据挖掘大数据

UCSC参考基因组下载（最新版hg38）----> bwa 建立参考基因组index。详见：https://zhuanlan.zhihu.com/p/383252096。分别复制hg38.fa.gz和md5sum.txt这两个文件链接，进行后续下载。UCSC主页:...

pyensembl:Python界面可访问Ensembl的参考基因组特征（例如基因，转录本和外显子）

标签： Python

PyEnsembl是一个Python接口，用于参考基因组元数据（例如外显子和转录本）。 PyEnsembl从Ensembl FTP服务器下载和文件，并将它们加载到本地数据库中。 PyEnsembl还可以使用通过用户提供的GTF和FASTA文件指定的...

docker-ucsc-blat:具有HG19和HG38参考基因组的UCSC BLAT服务器的Dockerfile

用于UCSC BLAT服务器的Docker容器，带有参考基因组，人类hg19，hg38和鼠标mm10正在运行的容器$ sudo docker run -it -p 55519:55519 misshie/ucsc-blat-hg19$ sudo docker run -it -p 55538:55538 misshie/ucsc-blat...