”hisat2“ 的搜索结果

     一.文库类型转录组文库构建的时候，可以选择链特异性文库或非链特异性文库。链特异性文库，我们清楚的知道得到的 reads 跟转录本是同向的还是反向的。链特异性文库构建，有多种方法，最常用的就是基于 dUTP 的方法。...

string deseq2

标签：   linux

     hisat2+stringtie+deseq2分析RNA-SEQ数据 - 简书 hisat2+stringtie+deseq2 RNAseq（二） - 简书 RNA-seq : Hisat2+Stringtie+DESeq2 – 恒诺新知 StringTie+DESeq2进行RNA-seq差异基因分析 - 百度文库

     一开始，windows里使用conda下载一些软件，一直报错，Soving environment error，collecting data error等，愁死人，后来发现有些软件，不支持window64位系统下载，比如hisat2 于是下载WSL（Windows Subsystem ...

     虽然短序列比对工具subread的使用没有bwa和hisat2流行，但是软件包中的featureCounts工具却使用比较广泛。尤其是在利用R语言进行RNAseq分析时，featureCounts几乎成为必须使用的工具。当然说的是R语言版本的...

     HISAT, StringTie and Ballgown（一） 今天给大家分享一下nature protocol上8月11号刚发的转录组分析新流程HISAT, StringTie and Ballgown（查看原文可以...HISAT:比对工具了，类似于昨天讲的tophat2； String...

     在得到RNA-seq的counts数据后，需要进行标准化。标准化需要得到基因的...然后用count2FPKM进行计算，代码如下 library(GenomicFeatures) txdb <- makeTxDbFromGFF("./gencode.v38.annotation.gtf",format="gtf

     NGS ngs（hisat,stringtie,...#HISAT (hierarchical indexing for spliced alignment of transcripts) is a highly efficient system for aligning reads from RNA sequencing experiments. HISAT uses an i...

     问题： flex-2.5.39: loadlocale.c:130:_nl_intern_locale_data: ?? 'cnt < (sizeof (_nl_value_type_LC_TIME) / sizeof (_nl_value_type_LC_TIME[0]))' ??? Aborted (core dumped) ...在～/.bashrc最后添加export...

     原链接：https://blog.csdn.net/weixin_33979745/article/details/91977329?utm_medium=distribute.wap_relevant.none-task-blog-BlogCommendFromMachineLearnPai2-1.nonecase&depth_1-utm_source=distribute....

rna_seq

标签：   Python

     参数： -a | --aligner-to-use -a | --aligner-to-use ：如果要使用Kallisto，则指定1如果要使用HISAT2，则指定2 。 默认值：Kallisto -i | --input-files-directory -i | --input-files-directory ：输入包含FASTQ...

     欢迎关注”生信修炼手册”!featuresCounts软件用于统计基因/转录本上mapping的reads数，也就是用于raw count定量。该软件不仅支持基因/转录本的定量，也支持e...

      问题：如果在main函数中抛出异常会发生什么？ 根据我们之前的分析，很容易得出结论。抛出异常嘛，就相当于函数的return。如果我们在main函数中抛出异常的话，不就是直接结束函数了吗？ 我们关系的是，我们在...

     原因是环境变量没有配置好，这里一般有两种解决方法，第一，可以切换到root用户执行命令，第二种，就是配置用户的环境变量，其指令如下： export PATH=/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/sbin:/bin:/usr/sbin:/usr/...

10  
9  
8  
7  
6  
5  
4  
3  
2  
1  

推荐文章