【bioinfo】hisat2/bowtie2比对结果summary文件解读_bowtie2 summary 导出-程序员宅基地

技术标签： bioinfo  

hisat2/bowtie2比对后，比对结果基本信息统计的summary文件解读。

参考：

使用seqanswers上的一个结果文件示例：
在这里插入图片描述
以及对应的回答：
在这里插入图片描述
整理该汇总文件中的数值和比例对应的含义及计算公式：

counts ratio info 说明 Label/计算公式 比例计算公式
16182999 reads; of these: 总reads对数 T -
16182999 100.00% were paired; of these: 成对reads T T/T
5731231 35.42% aligned concordantly 0 times 不一致比对 a0 a0/T
4522376 27.95% aligned concordantly exactly 1 time 一致比对恰好1次 a1 a1/T
5929392 36.64% aligned concordantly >1 times 一致比对大于1次 a1a a1a/T
---- ----
5731231 pairs aligned concordantly 0 times; of these: 不一致比对 a0 -
2381431 41.55% aligned discordantly 1 time 其中的一次比对 a01 a01/a0
---- ----
3349800 pairs aligned 0 times concordantly or discordantly; of these: 没有比对上或比对不一致的对数 Cd0 -
6699600 mates mates make up the pairs; of these: 没有比对上或比对不一致的reads数 Cd0s=Cd0*2 -
3814736 56.94% aligned 0 times 没比对上 Cm0 Cm0/Cd0s
1883429 28.11% aligned exactly 1 time 比对上恰好1次 Cm1 Cm1/Cd0s
1001435 14.95% aligned >1 times 比对上大于1次 Cm1a Cm1a/Cd0s
88.21% overall alignment rate 比对率 - R

其中：

  • C d 0 = T − ( a 1 + a 1 a + a 01 ) = a 0 − a 01 Cd0=T-(a1+a1a+a01) = a0-a01 Cd0=T−(a1+a1a+a01)=a0−a01
  • R = [ ( a 1 + a 1 a ) ∗ 2 + a 01 ∗ 2 + C m 1 + C m 1 a ] / ( T ∗ 2 ) = 1 − C m 0 / ( T ∗ 2 ) R=[(a1+a1a)*2+a01*2+Cm1+Cm1a]/(T*2)=1-Cm0/(T*2) R=[(a1+a1a)∗2+a01∗2+Cm1+Cm1a]/(T∗2)=1−Cm0/(T∗2)

附：

hisat2_summary文件格式看起来不方便，转换一下：

python trans_hisat2sum.py ${hisat2_summary} ${hisat2_summary_trs}

# trans_hisat2sum.py
import sys

infile = sys.argv[1]
outfile = sys.argv[2]

lst = []
key_lst = []
with open(infile, 'r') as f:
    for line in f:
        if "----" in line:
            continue
        litm = line.strip().split(" ")
        lst.append(litm[0])
        info = litm[1]
        if info.startswith('('):
            lst.append(info.strip('()'))
            key_lst.append(' '.join(litm[2:]))
            key_lst.append('ratio:' + ' '.join(litm[2:]))
        else:
            key_lst.append(' '.join(litm[1:]))

with open(outfile, 'w') as pf:
    pf.write('\t'.join(key_lst) + '\n')
    pf.write('\t'.join(lst) + '\n')

输出是一行表头一行数据，样本多的话看起来更方便：
在这里插入图片描述
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