转录组学习 - 程序员宅基地

转录组学习之转录本组装与定量（stringtie）[学习笔记通俗易懂版]

它的输入不仅包括其他转录本汇编程序也可以使用短读序列的对比。为了在实验之间鉴定差异表达的基因，可以使用Ballgown，Cuffdiff或其他（DESeq2，edgeR等）专用软件来处理StringTie的输出。Stringtie应用了起源于最...

【毕设学习之转录组技术一：基因组成+转录流程】

标签：学习

生物信息学

宏转录组学习笔记.pdf

标签：宏转录组

宏转录组学习笔记.pdf

空间转录组学习——数据探索

标签：学习 python 开发语言

本篇博客记录空间转录组数据的初步学习，使用数据为华大stereopy（https://stereopy.readthedocs.io/en/latest/index.html）中的Example数据，通过华大云盘下载。

转录组学习之序列比对（Hisat2）[学习笔记通俗易懂版]

标签：学习笔记开发语言

Hisat2是一款短序列比对的工具，主要用于转录组数据的比对，是Hisat比对工具的升级版。Hisat2优化了索引建立的策略，采用了新的比对策略，使其与Bowtie/TopHat2等软件相比具有更高的敏感性和更快的运算速度。Hisat2...

宏转录组学习笔记一

标签：宏转录组

对宏转录组充满了好奇，有这样的比方说，宏基因组可以告诉我们这个微生物群落可能有什么样的功能（潜能），宏转录组就是告诉我们群落正在做什么，相比宏基因组的眉毛胡子一把抓，宏转录组是更针对当下的结果。...

piplineForTranscriptomAnalysis:转录组分析

标签： JupyterNotebook

这是我日常学习中的转录组分析中的脚本和相应的演示数据。随意下载并运行它。 XD 每个* rar文件均包含代码和示例数据，以及示例结果以供参考。当然，您也可以直接在脚本文件夹中下载或查看所有代码。所有的代码都...

转录组分析需要安装linux么,转录组学习一（软件安装）

标签：转录组分析需要安装linux么

转录组相关软件的安装任务本地Windows电脑及服务器Linux系统下安装此次入门学习的各类软件及简单了解软件的基本用法：包括：sratoolkit, fastqc,Trimmomatic, hisat2, samtools, bcftools, htseq-count,...

转录组学习第四弹-数据质控

标签：学习

一条序列的重复数，因为一个转录组中有非常多的转录本，一条序列再怎么多也不太会占整个转录组的一小部分（比如1%），如果出现这种情况，不是这种转录本巨量表达，就是样品被污染。正常情况下，N值非常小。绿色区间...

宏转录组学习笔记（二）

上次竟然忘记把学习的教程地址放上了，这里首先放上：2018-cicese-metatranscriptomics 继续前面的学习，前面已经把软件安装完成，数据库准备好，下面就是分析的过程了，基本上按照原文的命令进行的，由于教程中没有...

宏转录组方法_科学网—宏转录组学习笔记（三） - 赵加栋的博文

标签：宏转录组方法

这是封面这本书的学习笔记，前面的笔记在这：生物信息数据分析工具QIIME(Quantitative Insights Into Microbial Ecology)和MOTHUR是引用最多、应用最广泛的软件。它们都可以用来分析原始测序数据生成OTU/丰度表，并...

2018-6-25转录组学习3 参考基因组和基因注释

标签：转录组参考基因组 linux

1. 参考基因组下载目前常用的国际通用的人类参考基因组在NCBI，UCSC和ENSEMBL的版本和对应情况如下： NCBI UCSC ENSEMBL GRCH36 hg18 ENSEMBL release_52 GRCH37 hg19 ENSEMBL release_59/61/64...

2018-6-15转录组学习1 文献阅读与数据下载

标签： linux aspera 转录组

2018-6-1转录组学习1 文献阅读与数据下载 1.文献阅读本次作业中阅读的文献为AKAP95 regulates splicing through scaffolding RNAs and RNA processing factors. Nat Commun 2016 Nov 8;7:13347. PMID: 27824034 ...

2018-7-6转录组学习4 序列比对

标签：转录组 samtools hisat2

1.比对软件作为初学者，在这里使用hisat2作为比对软件，关于常用的比对软件的特点引述一下hoptop的介绍：最近的Nature Communication发表了一篇题为的Gaining comprehensive biological insight into the ...

【空间&单细胞组学】第1期：单细胞结合空间转录组研究PDAC肿瘤微环境

标签：其他

❝ 6.19那天我在公粽号发布了创建「空间&单细胞组学文献学习小组」的帖子，同时出了几个思考题。...2020年单细胞结合空间转录组研究PDAC肿瘤微环境的论文science最新发表的单细胞空间代谢组学技术本篇

2018-6-23转录组学习2 测序数据质量检查

标签： fastq fastqc 转录组

1.sra文件转换为fastq格式为了进行测序数据质量检查我们需要将下载好的sra数据转换为fastq格式：使用Sratoolkits中的fastq-dump命令进行格式转换 Sratoolkits的官方文档中有fastq-dump命令的介绍...amp;f=...

rna_seq:转录组学工作流程

标签： HTML

RNAseq：转录组学项目该存储库包含一些不同的RNAseq...该文件夹包含一堆我在学习转录组学方法时使用的脚本。 DGRP_GWAS 我的计算机上有一个本地存储的文件夹，其中包含GWAS snps和UKy员工所做的CTmin CTmax工作分析。

stereopy:空间转录组学分析工具包

标签： JupyterNotebook

刻板印象空间转录组学分析工具包。

转录组分析_20个必须知道的转录组知识点！

标签：转录组分析

原标题：20个必须知道的转录组知识点！随着测序成本的不断下降，转录组测序分析已然成为生物学及医学研究不可或缺的技术手段。但是，对于大多数初学者来说，会遇到各种各样的问题。这里，小编就给大家重点介绍一下...

转录组状态扰动发生器_python_代码_下载

标签： python

此存储库包含转录组状态扰动生成器 (TSPG) 的代码。TSPG 是一种使用基因表达数据和对抗性学习来发现生物标志物基因的实验工具。基于 TSPG 的出版物：使用深度学习进行精准医学应用的细胞状态转换使用生成对抗...

DISC:使用半监督深度学习对单细胞转录组进行基因表达和结构的高度可扩展且准确的推断

标签： deep-learning semi-supervised-learning imputation transcriptome single-cell HTML

使用半监督深度学习对单细胞转录组进行基因表达和结构的高度可扩展且准确的推断。免费软件：Apache License 2.0 要求 > = 3.6 > = 1.13.1，<2> = 1.14.0 > = 0.21.0 > = 2.9.0 > = 3.0.0 安装安装...

Bulk RNA-Seq转录组学习

与之对应的是single cell RNA-Seq，后面也会有类似文章。参考：https://github.com/xuzhougeng/Learn-Bioinformatics/ 作业：RNA-seq基础入门传送门资料：RNA-seq Data Analysis-A Practical Approach(2015) ...