如果要进行从头组装(例如Velvet),假设一个人的全基因组测序数据,采用二代测序的方法,人的基因组3G,10倍数据30G,那么这30G的碱基,在切成更小的kmer,假设数据增加到了100G,还不算存储序列的一些其他信息,...
如果要进行从头组装(例如Velvet),假设一个人的全基因组测序数据,采用二代测序的方法,人的基因组3G,10倍数据30G,那么这30G的碱基,在切成更小的kmer,假设数据增加到了100G,还不算存储序列的一些其他信息,...
又是一个年度更新帖,主要是看到了粉丝留言,对我前面(2018及2019年)分享的个人计算机推荐 信息的更新:其中我是真的懒得给大家回答《我要做生信该买啥电脑呢》这样的问题,但是咨询的人实在是太多。工欲善其事必先...
越来越多新的分析方法都是基于python的,建议R有一定基础的(指熟悉基本操作和常见R包的使用)的同学也尝试使用一下python。简单分享一下刚开始需要学习和注意的点(本人也是刚入门,不是专业的……这里需要注意...
C3和C4植物中PEPC的生物信息学分析摘要:PEPC是C4光合途径中的关键酶之一,为研究C3和C4植物PEPC功能上的差异,利用一系列的生物信息学软件分别分析了4种C3和C4植物PEPC基因编码蛋白的氨基酸...
我的课题方向是生信分析为主,要进行RNAseq分析和pyhton编程,请问有哪些好的台式电脑,求推荐。
生信分析对计算机的开发环境有诸多要求,随之而来的自然就是很多麻烦。不说别的,要兼顾 Python 和 R 的问题就有够头疼。一边想着用 Python 搭流程处理文本和分析结果,另一边还想着用 R 来做统计分析和画图,而且...
本文主要向大家介绍了【云计算】LncRNA生信分析案例,通过具体的内容向大家展现,希望对大家学习云计算有所帮助。LncRNA的筛选做个笔记,哈哈哈这个流程是处于链特异性建库(dUTP)的RNA-seq流程,对于非链特异性建库...
Giotto是一个面向空间转录组数据的R包,最大的优势是与空间信息紧密结合,但由于是基于Python构建的R包,给像我这样的初学者带来很大的麻烦。然后在Rstudio中配置python路径,因为R好像有一个低版本自带的r-mini...
因需要超大内存的拼接/比...
生物信息学主要研究方向:DNA/RNA/蛋白质测序,序列比对,基因发现,基因组组装,药物设计,药物发现,蛋白质结构比对和预测,通过使用计算密集型技术(用于模式识别...因此需要配备先进的计算设备和丰富专业的分析软件
GWAS的全称是全基因组关联分析(Genome-wide association study),从物种基因组范围内中找出存在的单核苷酸多态性(SNP),与某种表型进行关联分析,从而找出与表型相关的SNPs。进行GWAS分析的软件有很多,今天我们主要...
生物信息学个人电脑系统配置(Ubuntu 20.04) 起因: 本人目前研二在读(明年就转博士了),去年...并且由于种种原因(其中最大的原因就是生信大部分的上游流程都只能在 linux 或者 MAC 系统下跑),虽然尝试过 WSL 但是
小白看过来~~ 跟我一起学R语言吧~ 不懂的我们可以微信讨论:JolieinCT
NMDS分析: 非度量多维尺度分析(Non-metric multidimensional scaling,NMDS)是一种将多维空间的研究对象简化到低维空间进行定位,分析和归类,同时又保留对象间原始关系的数据分析方法。一般用组间样本的秩次(数据...
先抛一个主题:每一个跑生信分析的人都应该知道Docker技术。然后我再来介绍什么是Docker,以及为什么我们应该了解Docker。 首先,从事基因分析的研究者,起码有80%的人之前是没有接受过计算机科学培训的。很多人都...
标签: 经验分享
一. 本地blast简介 本地Blast(Basic Local Alignment Search Tool),是基于本地的比对搜索工具,可以在自己建立的数据库进行blast搜索,与NCBI的在线blast相比,其速度快,搜索范围更小,且在没有互联网的情况下可以...
生信工作站硬盘选择固态驱动器(Solid State Disk或Solid State Drive,简称SSD)基于闪存的固态硬盘基于DRAM类机械硬盘即是传统普通硬盘(HDD),固态硬盘与机械硬盘的区别固态硬盘的选购选购因素参考产品结语 ...
标签: 生物信息学
我的生信心得分享