”samtools“ 的搜索结果

     本文介绍Linux系统下通过编译安装samtools的操作方法,同时对samtools的功能和使用技巧进行介绍,Samtools是生物信息学中广泛使用的一款软件,主要用于处理基于高通量测序数据。sort命令也很强大,可以对bam文件中的...

     序列比对 如今序列比对已成为各种生物学分析中不可缺少的重要环节,通过将未知的基因片段与已知具体信息的基因或基因组进行比较,并分析其中的相同部分与差异部分,就可以得到该基因片段SNP位点、所属物种以及可能...

     Samtools是一个用来处理SAM/BAM(SAM的二进制格式,用于压缩空间)格式的比对文件的工具,它能够输入和输出SAM(sequence alignment/map:序列比对)格式的文件,对其进行排序、合并、建立索...

     Samtools是一个用来处理SAM/BAM(SAM的二进制格式,用于压缩空间)格式的比对文件的工具,它能够输入和输出SAM(sequence alignment/map:序列比对)格式的文件,对其进行排序、合并、建立索引等处理。

samtools

标签:   学习方法

     该网站包含有关旧 0.1.19 samtools 版本的信息,因此很有用,但有些过时。如果时间允许,此信息将针对新的 samtools/bcftools 版本进行更新并移至新网站。源代码版本可从下载页面获取。SAM 工具提供了各种用于操作 ...

samtools-0.1.9

标签:   NGS

     breakdancer软件依赖的samtools版本软件,正确的版本有助于breakdancer的使用

     下载安装tar-jxfsamtools-1.9.tar.bz2cdsamtools-1.9/makeecho'exportPATH=/home/li.han/Softwares/samtools-1.9:$PATH'>>~/.bashrc用法faidx功能:提取fasta的长度信息用法:samtools asidx [[...]]#生成一个...

     Samtools 是一组实用程序,用于操作 SAM(序列比对/映射)、BAM 和 CRAM 格式的比对。它在格式之间进行转换,进行排序、合并和索引,并且可以快速检索任何区域中的读取。被广泛应用在分析流程中。接下来小编就为大家...

     samtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集。包含有许多命令。以下是常用命令的介绍 1. view view命令的主要功能是:将sam文件转换成bam文件;然后对bam文件进行各种操作,比如数据的排序(不属于本命令的功能)和...

     samtools的说明文档:http://samtools.sourceforge.net/samtools.shtml samtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集。包含有许多命令。以下是常用命令的介绍 1、

     samtools是对SAM/BAM等格式进行各种相关操作的软件,功能最丰富。 1. samtools view view命令的主要功能是:将sam文件转换成bam文件;然后对bam文件进行各种操作 1.1查看header 命令 samtoolsview -Htest.bam...

     1. view view命令的主要功能是:将sam文件转换成bam文件;然后对bam文件进行各种操作,比如数据的排序(不属于本命令的功能)和提取(这些操作是对bam文件进行的,因而当输入为sam文件的时候,不能进行该操作);...

     tar jxvf samtools-1.9.tar.bz2 cd samtools-1.9 ./configure --prefix=全路径/samtools-1.9 make make install 1.0之前的版本没有configure步骤 下载后直接make COMMANDS 1.view view主要是将sam文件转换成bam文件...

     samtools view -bt ref_list.txt -o aln.bam aln.sam.gz samtools sort -T /tmp/aln.sorted -o aln.sorted.bam aln.bam samtools index aln.sorted.bam samtools idxstats aln.sorted.bam samtoo...

samtools用法

标签:   samtools

     文章目录samtools命令indexing功能快捷键合理的创建标题,有助于目录的生成如何改变文本的样式插入链接与图片如何插入一段漂亮的代码片生成一个适合你的列表创建一个表格设定内容居中、居左、居右SmartyPants创建一...

      q30.bam 文件是为了对质量进行控制 ...而过滤是为了去除PCR等重复,既可以使用samtools也可以使用picard Options: -b output BAM 默认下输出是 SAM 格式文件,该参数设置输出 BAM 格式 -h print...

     samtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集。sam为bam文件的十进制文件;bam为二进制文件。 View 作用:bam与sam互转,查看bam文件,对bam进行排序和提取的操作。 - sam与bam互转:-S指定输入文件格式为sam,不加...

     文章目录下载安装测试数据命令详解dictfaidxindexreheaderrmdupcatmergempileup查看参数mpileup生成的结果有参考序列的pileup使用生成一个简单的vcf文件sort查看用法主要参数释义:...

     前者转化文件格式,后者将sam(比对地图)按照header位置或者reads名字...samtools view Usage: samtools view [options] <in.bam>|<in.sam>|<in.cram> [region ...] Options: -b output BA...

     卸载旧版本samtools1. 查看samtools版本$ samtoolsProgram: samtools (Tools for alignments in the SAM format)Version: 0.1.19-96b5f2294a2. 浏览已安装的程序$ dpkg --list3. 卸载程序和所有配置文件$ sudo apt-...

     SAM及其相关工具SAM格式介绍SAM全称是Sequence Alignment/Map, 是目前最常用的存放比对或联配数据的格式。无论是重测序,还是转录组,还是表观组,几乎所有流程都会产生SAM/BAM文件作为中间步骤,然后是后续专门的...

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