hisat2

RNA-seq流程学习笔记（7）-使用Hisat2进行序列比对

RNAseq(4)–Hisat2进行序列比对及Samtools格式转化 RNA-seq(5):序列比对：Hisat2 hisat2比对软件将reads比对到参考基因组 hisat2比对 1. 根据比对目的选择不同软件 RNA-Seq数据分析可以应用于不同目的的研究中，比如...

Hisat2 比对到参考基因组

标签：数据挖掘数据分析

hisat2 samtools 转录组上游分析 Linux

hisat2:基于图的对齐方式（分层图FM索引）

标签： C++

基于图的基因组比对和HISAT2和HISAT基因型的基因分型接触（）和（）抽象的下一代测序技术的飞速发展极大地改变了我们进行基因组规模分析的能力。用于大多数基因组分析的人类参考基因组仅代表少数个体，从而...

HISAT2Aligner：用于docker化的Hisat 2 aligner模块的仓库

标签： Python

HISAT2Aligner HISAT2是一种快速灵敏的比对程序，可将下一代测序读数（DNA和RNA）映射到人类基因组（以及单个参考基因组）。请参阅了解该算法的详细信息。

HISAT2双端read比对结果解释

标签：机器学习

(51100+57804+33582+277922+1144382)/(4165142)=0.4803

Error: Encountered internal HISAT2 exception (#1)问题解决

标签： linux 代码规范

原以为是数据出现了问题，经检查发现原来是hisat2指令输错了……把--rna 误写成了--tna……看到有其他朋友把‘-’打成‘--’也会出现一样的报错，总之写完指令还是要多检查一下。使用hisat2进行比对时出现如题报错。

转录组学习之序列比对（Hisat2）[学习笔记通俗易懂版]

标签：学习笔记开发语言

Hisat2是一款短序列比对的工具，主要用于转录组数据的比对，是Hisat比对工具的升级版。Hisat2优化了索引建立的策略，采用了新的比对策略，使其与Bowtie/TopHat2等软件相比具有更高的敏感性和更快的运算速度。Hisat2...

【数据比对hisat2和samtools】零基础看懂运行代码、报错Q&A—结尾有彩蛋

标签： linux 运维服务器

p #多线程数 -x #参考基因组索引文件目录和前缀 -1 #双端测序中一端测序文件 -2 #同上 -S #输出的sam文件；...2、寻找新的可变剪切isoform，RNA的可变剪切，需要看外显子差异，用TopHat, HISAT2或STAR找剪切位点。

RNA-seq流程学习笔记（7）-使用Hisat2进行序列比对--提问

标签：问答团队

hisat2-align exited with value 137

标签： ubuntu linux

Hisat2安装及比对

Hisat2和STAR是目前转录组分析过程中用来做比对的两款主要工具，记得有一篇好像是2017年的文章专门比较了几款转录组比对工具对结果的影响，结论中认为两款软件在实际使用过程中对结果影响及耗时区别不大，我认为选一...

rnaseq:使用STAR，RSEM，HISAT2或Salmon的RNA测序分析流程，具有同工型计数和广泛的质量控制

标签： workflow rna-seq pipeline nextflow rna nf-core Nextflow

介绍 nf-core / rnaseq是用于RNA测序数据的生物信息学分析管道。该管道是使用构建的，是一种工作流工具，可以以非常便携的方式跨多个计算基础架构运行任务。它带有docker容器，使安装变得简单，结果可高度重现。...

安装Hisat2

标签： linux 运维服务器

首先进行预编译解压安装：安装完成：设置环境变量：第二，源码安装： hisat2下载网址：预编译安装同上，源码安装下载hisat2源码root权限下yum安装：暂时还未解决

Hisat-Trinity-PASA等组学分析流程

标签：学习数据挖掘数据库

主要发表或收录生物信息学的教程，以及基于R的分析和可视化（包括数据分析，图形绘制等）；分享感兴趣的文献和学习资料!这里只是提供了各个分析流程的脚本，对于初学者来说是比较有好的。中提供了详细转录组上游分析...

RNA-seq——三、使用Hisat2进行序列比对

标签： hisat2 samtools sam

Jimmy老师主要演示了四种比对工具，分别为hisat2、subjunc、bowtie2、bwa。除了subjunc能够直接生成bam文件外，这些软件的用法都很相似。需要根据自己的需求来选择对应的软件。这里以使用hisat2为例。

序列比对 hisat2

标签： bash 开发语言

hisat2的用法下载index文件比对、排序、索引质量控制载入IGV，截图几个基因 hisat2的用法本作业是比对到基因组，所以使用gapped or splices mapper，此流程已经更新。TopHat首次被发表已经是7年前，STAR的比对...

HISAT2 - StringTie - DESeq2 pipeline 进行bulk RNA-seq

标签：生物信息学

HISAT2 - StringTie - DESeq2 pipeline 进行bulk RNA-seq

HISAT2序列比对

标签：生物信息学

HISAT2是一种快速、灵敏的比对程序，用于将下一代测序读数（全基因组、转录组和外显子组测序数据）与普通人群（以及单个参考基因组）进行比对。 1.建立索引建立索引时间长，一般不需要自己建立，常见的基因组索引...

hisat2读取不到文件

标签： python

Warning: Could not open read file "SRR17972630_2" for reading;... Error: No input read files were valid (ERR): hisat2-align exited with value 1 我想要用hisat2文件将fastq对比为sam文件，结果报错说这样。

RNA-seq——上游分析练习（数据下载+hisat2+samtools+htseq-count）

标签： RNA-seq hisat2 samtools

写在前面——之前使用的数据是单端测序，但是...由于租的服务器是2核＋8G的，所以在生成sam文件和sort以及htseq-count都花费了大量的时间（四个样本集整整跑了将近一整天）。不过最后结果算是复现出来了，甚是欣慰。

测试hisat2时遇到的问题

标签： linux

(ERR): Expected hisat2 to be in same directory with hisat-align: /home/vary2/src/hisat2-2.1.0/

为啥要这个index 建立索引为什么 hisat2

标签： r语言

索引（index）是帮助MySQL高效获取数据的数据结构（有效），在数据之外，数据库系统还维护着满足特定查找算法的数据结构，这些数据结构以某种方式引用（指向）数据，这样就可以在这些数据结构上实现高级查找算法，...

Running HISAT2 Reporting The reporting mode governs how many alignments HISAT2 looks for, and how to report them. In general, when we say that a read has an alignment, we mean that it has a valid a...